С провозглашением суверенитета Республики Казахстан и переходом угольных предприятий под ее юрисдикцию, их экономическое положение значительно усложнилось из-за отсутствия государственной поддержки. Переход к рыночным отношениям сопровождался спадом в энергопотребляющих отраслях, и, как следствие, резким снижением добычи коксующихся и энергетических углей на казахстанских угледобывающих предприятиях. Вопрос о целесообразности сохранения шахт, работающих с низкими технико-экономическими показателями или дорабатывающих свои промышленные запасы угля, в Карагандинском угольном бассейне был впервые рассмотрен в 1990 году. Тогда приказом генерального директора ПО «Карагандауголь» от 18.09.1990г. за № 263 была создана комиссия по подготовке материалов для консервации и ликвидации неперспективных шахт бассейна. В то время еще действовал принцип «общего котла», и убыточная работа одних шахт компенсировалась высоко прибыльной работой других и, главным образом, угольных разрезов. Особенно осложнилось положение шахт по добыче энергетических углей, конкурентами которых выступили Куу-Чекинский, Борлинский и Шубаркольский разрезы. Отсутствие средств на поддержание должного технического уровня нерентабельных шахт привели к тому, что они стали опасными для жизни шахтеров, потенциальными источниками возникновения чрезвычайных ситуаций.

С целью вывода из кризисного состояния угольной промышленности Казахстана было принято решение о планомерном закрытии убыточных, с самыми низкими технико-экономическими показателями работы шахт. Постановлением Правительства Республики Казахстан от 01.11.1995г. за № 1415 и приказом Министра энергетики и угольной промышленности № 99 от 09 ноября 1995г. для ликвидации нерентабельных шахт Карагандинского угольного бассейна было создано республиканское государственное специализированное предприятие «Карагандаликвидшахт». Первым директором был назначен Виктор Александрович Тоблер.
Закрытие шахт связано с решением сложного клубка социальных, технических, экономических и организационных вопросов. Опыта проведения ликвидационных работ такого масштаба в Карагандинском угольном бассейне не было, отсутствовала нормативно-правовая база. Технико-экономическое обоснование ликвидации шахт «Северная», «Майкудукская», «Дубовская», «Степная» и «Топарская» ГХК «Карагандауголь» были выполнены АО «Карагандагипрошахтом».
С ноября 1995 года под ликвидацию были переданы 5 шахт. Закрытие шахты - это погашение горных выработок и бурение газодренажных скважин, демонтаж горношахтного и технологического оборудования в шахте и на поверхности, линий электропередачи и связи, возведение перемычек и засыпка стволов и шурфов негорючим дренирующим материалом, обеспечение водоотлива, разборка непригодных строений, зданий и сооружений на поверхности, рекультивация нарушенных горными работами шахты земель и ликвидируемых промышленных площадок, мероприятия по надежной изоляции и ограждению ликвидируемых вертикальных стволов и шурфов, а также по предотвращению опасных газовых ситуаций и др.
Первый этап ведения ликвидационных работ был самым трудным. Переданное под ликвидацию горное хозяйство шахт находилось в крайне запущенном состоянии и представляло опасность для работников, выполняющих ликвидационные работы. Возникали нештатные и чрезвычайные ситуации. Главным вопросом было обеспечения безопасности труда рабочих и всех объектов, действующих на горных и земельных отводах закрываемых шахт. Были разработаны Положения о нарядной системе, об управлении безопасностью труда (СУБТ), должностные инструкции, изданы совместные приказы с подрядными организациями и шахтовладельцами. Впервые разработаны и приняты к производству «Руководство по ликвидации и консервации предприятии по добыче угля в Республике Казахстан», «Инструкция о порядке контроля и защиты зданий в пределах горных отводов действующих и ликвидированных шахт Карагандинского угольного бассейна», которые регламентируют производственные процессы и организацию труда. Была разработана принципиально новая технология засыпки наклонных стволов с помощью отходов производства ТЭЦ-1 и ТЭЦ-3. Это позволило не только повысить плотность засыпки стволов, но и улучшить экологию воздушного пространства города. В течение 1996 – 1998 г.г. РГСП «Карагандаликвидшахт» с привлечением подрядных строительно-монтажных организаций практически завершило ликвидацию шахт «Северная», «Майкудукская», «Дубовская», «Степная» и «Топарская». По решению Ликвидационной комиссии и Карагандинского областного Акимата эти шахты были исключены из реестра действующих государственных предприятий республики Казахстан.
29. 09.1999 года Правительство Республики Казахстан приняло постановление «О дальнейшем закрытии нерентабельных шахт Карагандинского угольного бассейна». Мотивацией принятия постановления стало предупреждение вероятных катастроф и аварий с непредсказуемыми последствиями, связанных с взрывами метана и подземными пожарами на шахтах АООТ «Карагандакомир» из-за их небезопасной, неритмичной, чаще сезонной работы. Указанным постановлением Министерству энергетики, индустрии и торговли РК через РГСП «Карагандаликвидшахт» предусматривалось выполнение технических мероприятий по закрытию ряда шахт, в том числе «Шерубай-Нуринской», «Долинской», им. 50-летия Октябрьской революции.
Несмотря на определенные трудности за прошедшие годы на 9 шахтах из 13 были завершены ликвидационные работы и подписаны соответствующие акты. При этом было погашено около 780 км горных выработок, засыпано 100 вертикальных и наклонных стволов, ликвидировано 2057 скважин различного диаметра и назначения, демонтировано 70 подъемных установок и 67 вентиляторов главного проветривания, ликвидировано 13 шламоотстойников, рекультивировано и сдано местным органам управления более 3040 га земель, нарушенных горными работами.
На четырех оставшихся шахтах: № 1 «Кировская», № 2 им. Горбачева, № 3 им. Байжанова, № 1 ТОО «Арман», переданных под ликвидацию в 2000 году, работы близятся к завершению.
При ликвидации шахт особое внимание уделяется контролю за выходом метана на поверхность и образованием опасных зон. Работники РГСП «Карагандаликвидшахт» детально обследовали горные и земельные отводы ранее закрытых шахт. В ходе обследования земельных отводов ранее закрытых шахт было обнаружено около 340 выходов на поверхность, в том числе 58 вертикальных стволов, 163 наклонных ствола, 119 шурфов и 223 скважины.
Все прошедшие годы работникам РГСП «Карагандаликвидшахт» большую помощь оказывал институт «Карагандагипрошахт и К0 » который разработал все проекты на ликвидацию шахт, помогал обследовать горные и земельные отводы ликвидированных ранее и ликвидируемых шахт. Также большую помощь в обеспечении безопасных методов ведения ликвидационных работ оказал Казахский научно-исследовательский институт по безопасности в горной промышленности КазНИИБГП, который совместно с институтом «Карагандагипрошахт и К0 », Карагандинским государственным техническим университетом, областной государственной инспекцией по надзору за безопасным ведением работ в промышленности, научно-исследовательским центром горноспасателей РК разрабатывал меры по безопасности работ, выдавал заключения на разработки РГСП «Карагандаликвидшахт». С их помощью были разработаны специальные инструкции и руководства по безопасной ликвидации шахт.
Одним словом, за прошедшие годы была проведена огромная работа по ликвидации нерентабельных шахт Карагандинского угольного бассейна. Большой вклад в развитие и становление РГСП «Карагандаликвидшахт» внесли Виктор Петрович Пудовкин, Борис Федорович Огарков, Нина Дмитриевна Торжкова, Михаил Кузьмич Гороховодатский. С 2002 года РГСП «Карагандаликвидшахт» возглавляет Кабдыгали Нургалиевич Оспанов, отличный организатор, ранее работавший заместителем города Караганды. В РГСП «Карагандаликвидшахт» трудятся опытные специалисты. Это - главный инженер – Евгений Сергеевич Иванкин, полный кавалер знака «Шахтерская слава», много лет, проработавший на шахтах Карагандинского бассейна, в том числе главным инженером на шахте «Майкудукская» до ее закрытия. Это – главный горняк Анатолий Митрофанович Сибиркин, полный кавалер знака «Трудовая слава», много лет, проработавший в отделе капстроительства ПО «Карагандауголь». У начальника отдела Татьяны Ивановны Гайкаловой, кавалера знака «Трудовая слава» 2-й и 3-й степеней, очень ответственная работа. Она принимает работу подрядных организаций ТО ВИП-17, ТО «Караван», ТО «Нолла», Каздортехстрой и др. по ликвидации шахт. Отлично трудятся главный маркшейдер Александр Федорович Морев, маркшейдер Василий Федорович Морев, и.о. начальника техкомплекса Мухи Агдарбекович Ибраев и др.
С первых дней работы РГСП «Карагандаликвидшахт» возглавляет его профсоюзный комитет Виталий Семенович Шуйцев, Почетный шахтер, полный кавалер знака «Шахтерская слава». Ранее он много лет проработал на шахте «Майкудукская», где после окончания института прошел путь от горного мастера до начальника участка подготовительных работ и начальника смены. Там же на «Майкудукской» его выбрали председателем профкома. Вот уже более пятнадцати лет он стоит на страже интересов трудящихся.
У РГСП «Карагандаликвидшахт» впереди еще немало работы. На землях шахт, ликвидированных с 1940 по 1980 годы, остались большие территории общей площадью около 300 квадратных километров с провалами, трещинами, водоемами и заболоченными участками, шламоотстойниками обогатительных фабрик и золоотвалами ТЭЦ-1, которые не только портят ландшафт, но и отрицательно сказываются на окружающей среде. Остались хаотично разбросанные отвалы пустых пород, являющиеся источниками запыления и загрязнения атмосферного воздуха. С начала структурных преобразований в Карагандинском угольном бассейне резко снизилась рекультивация нарушенных земель, так как владельцы шахт и предприятии бывшей холдинговой компании «Карагандауголь» не отвечали по долговым обязательствам прежних владельцев. В результате обширная площадь земель, нарушенных горными работами, осталась бесхозной. Таких земель насчиталось свыше 6 тысяч гектар. Продолжая работы по ликвидации нерентабельных угольных шахт РГСП «Карагандаликвидшахт» особое внимание планирует уделять на приведение в порядок нарушенных земель, увеличив масштабы рекультивации, создавая специальные зоны, благоприятно сказывающиеся на экологии воздушного бассейна города Караганды. Не менее актуальной задачей является получение дополнительной энергии для нужд региона путем создания предприятия по утилизации шахтного метана на основе его комплексной переработки, что приведет к резкому сокращению эмиссии метана, являющегося вторым по значимости источником парникового эффекта. Для этих целей, в соответствии с поручением Правительства РК «О промышленной утилизации метана, выделяющегося из ликвидируемых шахт», в Караганде реализуется региональная программа «Метан». Работники РГСП «Карагандаликвидшахт» призваны внести большую лепту для улучшения экологии Карагандинского угольного бассейна.